Sui resti di una struttura ecclesiastica del settimo secolo, il futuro re dei Longobardi Desiderio, con la moglie Ansa, fondò nel 753 il monastero di San Salvatore, che solo in un secondo momento assunse la dedicazione a Santa Giulia, e alla cui guida fu posta la figlia Anselperga.
Attorno a tre spazi aperti furono edificati edifici funzionali all’organizzazione del monastero, che era anche di servizio alla famiglia regia; ad occidente, il primo cortile riutilizzava un palatium del secolo precedente, con porticato e loggia a trifore, di cui si conserva parte della facciata, forse destinato ad accogliere delegazioni reali e funzioni pubbliche; il secondo, posto sul fianco della chiesa, che accoglieva un vasto sepolcreto fra i cui resti spiccano le fondazioni di un edificio turrito dotato di cripta a pilastrini; il terzo, infine, destinato alla clausura dove sono emersi i resti di costruzioni alto medievali con pavimento riscaldato.
Al monastero furono concessi particolari privilegi che i Carolingi, dopo la sconfitta di Desiderio, confermarono ed ampliarono, accumulando così potere ed enormi ricchezze con possedimenti e attività economiche distribuiti in buona parte dell’Italia. Il monastero subì un primo radicale rifacimento alla metà del XII secolo quando furono ricostruiti i chiostri, fu realizzato l’ampliamento della cripta di San Salvatore ed edificato l’oratorio di Santa Maria in Solario. Questo edificio, perfettamente conservato, assunse le forme di una possente costruzione quadrangolare in pietra, su due livelli, quasi senza aperture verso l’esterno.
La grande trasformazione che diede al cenobio le forme attuali risale però in larga parte ai lavori intrapresi negli ultimissimi anni del Quattrocento. In quell’occasione si intraprese una radicale ricostruzione dei chiostri, cui fu aggiunto quello settentrionale destinato ai dormitori. Nell’area del sagrato della chiesa di San Salvatore fu elevato il coro delle monache, grande vano voltato posto al primo piano per evitare ogni possibile contatto delle monache di clausura con i fedeli. Sul davanti di questa costruzione alla fine del Cinquecento fu infine realizzata la chiesa di Santa Giulia terminata nel 1599.
Con poche trasformazioni il monastero giunse indenne sino alla sua soppressione avvenuta nel 1798 in seguito alle leggi rivoluzionarie giacobine. Ridotto a caserma di cavalleria e spogliato dei sui beni mobili, la struttura subì un progressivo degrado, solo parzialmente sospeso quando all’interno dei tre edifici religiosi fu ricavato il Museo dell’Età Cristiana, aperto al pubblico nel 1882.
Solo con l’acquisizione al Comune dell’intera proprietà nel 1966 poterono iniziare le operazioni di recupero architettonico e di allestimento del nuovo museo che hanno portato alla attuale rinascita del complesso di Santa Giulia.